全剧39个日日夜夜，京味儿、药味儿、火药味儿，惊心动魄；家族、悬疑、情爱，扣人心弦——
　　1948年（民国37年）12月24日，北平。一派大战前的仓皇景象：电台里不时传出被围的消息，报童在奔走呼号，街头到处是“买两块，卖两块！”的银元倒卖声，军警驱赶着游行队伍，东单机场南逃的飞机像苍蝇一样飞上飞下……
　　同仁堂在北平立世二百七十余年，如今却面临着歇业的危险。大爷乐柏龄去祁州开市被劫，药料难以为济；三爷乐柏松用轿车换了头驴驮着三奶奶从被围的天津死里逃生……让同仁堂离开古都南迁？掌柜的二爷乐柏年必须做出选择。
　　一车藏满金条的白菜途中失踪，使共产党的地下金库洪升钱庄被警方杨冠雄查封，一褡包金条转移途中遗失在一辆水车里。花旗银行总代表张友鹏（地下党）索寻金条，其间一波三折，扑朔迷离，在乐家大小姐乐莲珊的帮助下，终将金条找回。从此，同仁堂的命运便与共产党的金库紧紧连在一起……国府特派员黄家才的使命是带同仁堂离开北平，他自然不能眼看共产党金库源源不断的资助同仁堂。于是，在黄家才与乐柏年、张友鹏之间，一番生与死的较量展开了，乐家人面临着一个接一个的残酷考验——
　　悍匪小青龙受黄家才指使劫持二小姐乐小珊，酷爱养鸽子的四爷乐柏寿拎着一对儿名鸽“白鸬鹚”去赎人，却被吊到了房梁上，大鼓名角董天娇一曲《风雨归舟》唱出了对四爷的爱；天桥名骂大粪坑到乐家门前骂街；假药一夜间充斥街头，乐柏年一把烧假的大火在北平百姓心中燃了几十年；为保护张友鹏的“货”，乐柏年和他携手进了黄家才的保密局大狱；为恪守“炮制虽繁必不敢省人工，品味虽贵必不敢减物力”的祖训，乐二爷废了药、劈了箩；小青龙在照相馆杀害了正和四爷照结婚照的董天娇，乐家的未来女婿孙浩饱受保密局迫害，为保全同仁堂，他高声朗诵高尔基的《海燕》，纵身跳下了高塔，乐柏寿和乐小珊成了一对只会放信鸽的痴人儿；大年三十，同仁堂临别前夜却“金猪拱门”，新年吉兆。乐柏年、张友鹏、黄家才、杨冠雄四个不同的人坐在了同一张麻将桌上，成败兴亡、是非功过俱在这一方筑起的“长城”中评说；初一一早，黄家才将押二爷南迁，乐柏年和同仁堂就这么走了？……
　　乐柏年做出了选择。“自汉以降，时越千年……天地有正气，润吾百草鲜。唯吾知滋味，善把苦做甘。顶礼颂高洁，玉碎不瓦全！”祖先堂内，他雄浑有力的《宝碾赋》唤醒了所有乐家人，也唤醒了所有北平人——所有面临选择的中国人。39天里，有人死了，有人生了，有人走了，有人留下。然而，不变的却是紫禁城，钟鼓楼，天坛，这千年古都。留下的人留下了，走的人走了，不变的是共同的希望，看似分了的一切，其实是合了……
　　公元1949年，1月31日。北平和平解放，同仁堂祁州开市。